Το κτίριο του σχολείου μας εγκαινιάστηκε το 1961 από τον υπουργό παιδείας Γεώργιο Βογιατζή και στέγασε  το Ε΄ Γυμνάσιο Θηλέων.  Μετά τον διαχωρισμό Γυμνασίων - Λυκείων και την υιοθέτηση μικτών τάξεων, το σχολείο στέγασε το 17ο Γυμνάσιο και το 17ο Λύκειο. Αλλαγές και συνενώσεις των σχολείων του κέντρου οδήγησαν πολλά ιστορικά γυμνάσια θηλέων στο σημερινό κτίριο:

Α΄ Γυμνάσιο Θηλέων, Η΄ Γυμνάσιο Θηλέων, Ε΄ Γυμνάσιο Θηλέων, 25ο Γυμνάσιο- Παλιά Οικοκυρική Σχολή, 13ο Γυμνάσιο, 20ο Γυμνάσιο, 17ο Γυμνάσιο.

Το 2014, το 17ο Γυμνάσιο μετονομάστηκε σε 13ο Γυμνάσιο μετά από μια νέα συγχώνευση.

Και λίγη τοπική ιστορία

   Μέχρι και το σχολικό έτος 2013-14 το 13^ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης στεγαζόταν σε νεοκλασικό οικοδόμημα στην οδό Εγνατίας 132. Πρόκειται για ένα ιστορικό κτίριο το οποίο συνδέεται άμεσα με την ανάπτυξη της παιδείας στη Θεσσαλονίκη κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Μετά την πυρκαγιά τον Αύγουστο του 1890, που κατέστρεψε τα σημαντικότερα ιδρύματα του Ελληνισμού της Θεσσαλονίκης, η Ελληνική Ορθόδοξη Κοινότητα αποφάσισε την αγορά οικοπέδου του Νικολάου Μαυρουδή στην οδό Εγνατία, κοντά στην εκκλησία της Παναγούδας, με σκοπό την ανέγερση γυμνασίου. Καθώς τα οικονομικά της Κοινότητας ήταν πενιχρά, αποφάσισε να ευαισθητοποιήσει τους φιλάνθρωπους ομογενείς, ώστε να συγκεντρωθούν τα χρήματα. Στο κάλεσμα ανταποκρίθηκε ο τραπεζίτης, πολιτικός και εθνικός ευεργέτης Ανδρέας Συγγρός με δωρεά του οποίου καλύφθηκε το μεγαλύτερο μέρος της δαπάνης για την αγορά του οικοπέδου και την ανέγερση του κτιρίου, το ποσό έφτασε το ύψος των 2.369,67 οθωμανικών λιρών.

   Το κτίριο οικοδομήθηκε το 1892 βασισμένο στα αρχικά σχέδια που εκπόνησε ο σπουδαίος γερμανός αρχιτέκτονας Έρνστ Τσίλλερ και θεωρείται το «δίδυμο» του οικοδομήματος στο οποίο στεγάζεται το Μουσείο Μακεδονικού Αγώνα στην οδό Προξένου Κορομηλά.  Νέα σχέδια έγιναν από το μαθητή του Τσίλλερ, τον αρχιτέκτονα Π. Καμπανάκη, τα οποία στην πορεία απορρίφθηκαν λόγω του μεγάλου κόστους κατασκευής. Ο αρχιτέκτονας Κ. Κοκκινάκης και αναλαμβάνει να συντάξει νέα σχέδια, που προέβλεπαν οίκημα με ημιυπόγειο, ισόγειο και έναν όροφο, 12 αίθουσες διδασκαλίας και αρκετούς βοηθητικούς χώρους. Ο θεμέλιος λίθος τίθεται τον Σεπτέμβριο του 1892. Οι εργασίες προχώρησαν με γοργούς ρυθμούς και μέσα σε ένα χρόνο το κτίριο παραδόθηκε.

   Κατά το σχολικό έτος 1893-1894, λειτούργησε για πρώτη φορά το «Ελληνικόν Γυμνάσιον» στο οποίο φοιτούσαν τα αγόρια της Ελληνικής Κοινότητας της πόλης. Από την ημέρα αυτή και μέχρι σήμερα, το διδακτήριο, μεγαλόπρεπο και επιβλητικό, κοσμεί το κέντρο της Θεσσαλονίκης, στην οδό Εγνατία 132.

   Το οικοδόμημα αυτό, ένα πραγματικό κόσμημα  για την πόλη μας, φιλοξένησε από τότε, με εξαίρεση τις ταραγμένες περιόδους του πολέμου, πολλά σχολεία, όπως την Οικοκυρική Σχολή, το Οικονομικό Γυμνάσιο, το Στ' Λύκειο Θηλέων, ένα παράρτημα του Ε΄ Γυμνασίου Θηλέων Θεσσαλονίκης και το 25^ο Γυμνάσιο και Λύκειο. Σ' αυτό το ιστορικό κτίριο, επισκευασμένο με πολλή προσοχή, ώστε εξωτερικά να έχει την αρχική του όψη, ενώ εσωτερικά να είναι λειτουργικό, στεγάστηκε το 13^ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης από το 2002 εώς το 2014. Από το 2014 έως και σήμερα το 13ο Γυμνάσιο συστεγάζεται με το 17ο Λύκειο στο κτίριο της οδού Χριστοπούλου 6, κοντά στη βυζαντινή εκκλησία της Αχειροποιήτου.